O N3RD3X apontou um fato interessante na listagem: existe a cidade de Corumbá em Goiás e no Mato Grosso, mas não eram listadas como repetidas.
O que acontece é o seguinte: elas são realmente cidades com nomes diferentes. Corumbá no Mato Grosso do Sul é “Corumbá”, mas Corumbá de Goiás é mesmo “Corumbá de Goiás” (e isso você pode conferir no sítio do IBGE).
A partir dessa informação, fiz uma segunda listagem, disponível em http://waltercruz.com/devel/municipiosrepetidos2 . Essa está um pouco mais completa, mas talvez um pouco menos exata, embora na pratica funcione bem.