Conforme você pode ler no comentário 86 do bug 161 do google appengine, agora o limite é de 3000 arquivos.

O limite anterior (1000 arquivos), funcionava bem para quem usasse apenas o Django no appengine (que jé vem incluído). Para usuários de outros frameworks, a coisa complicava bastante. Uma instalação básica do Pylons batia esse limite facilmente.

Agora, o limite é de 3000 arquivos, 150 MB no código que você enviar, 10 MB no máximo para um arquivo e 1000 arquivos por diretório (sem contar os subdiretórios).